Aussi, il existe au sein de la Direction des Opérations et de l'Emploi (DOE), dépendant directement de la DGGN, une sous direction de la police judiciaire apte à gérer toutes les facettes nécessaires au bon fonctionnement et au développement de la police technique et scientifique.

Sur le terrain, dans plus de 850 brigades territoriales, des fonctionnaires sont affectés à temps plein pour effectuer des actes de police technique et scientifique. Dans les brigades territoriales, il existe des BDRIJ (Brigade Départementale de Recherche et d'Investigation Judiciaire) dans lesquelles on trouve des Cellules d'Investigations Criminelles (CIC). Des personnels affectés dans ces CIC, recrutés dans le corps des sous-officiers, sont des Techniciens d'Identification Criminelle (TIC) qui possèdent une formation spécialisée en police technique et scientifique. Ce sont des personnels qui possèdent d'autres compétences, notamment en matière procédurale, puisqu'ils sont tous Agent de Police Judiciaire (APJ) ou Officier de Police Judiciaire (OPJ). Dans l'avenir tous les TIC seront amenés à posséder la qualification d'OPJ. Leurs missions sont les suivantes :

           1) Le contrôle qualité des signalements, des empreintes et des photographies qui permettent d'alimenter le fichier JUDEX.

          2) Les constatations sur les lieux de diverses infractions plus ou moins graves tels que des dégradations, des morts suspectes, des violences volontaires.... 

          4) Les missions annexes comme les assistances à autopsie, l'exécution de commissions rogatoires (photographies, reconstitutions), l'exploitation de vidéos, la formation des TIC de proximité (quelques jours de formation).

Dans plus de 1000 communautés de brigade de gendarmerie (COB), les TIC de proximité sont habilités à procéder aux actes simples de police technique et scientifique (recherche de traces papillaires à la poudre, relevés de traces et indices sur la petite et moyenne délinquance)

Dans les CIC, des gendarmes sont recrutés pour réaliser à temps plein de l'analyse criminelle. Ces gendarmes prennent en compte des données d'enquête pour effectuer des liens entre les investigations.

En 2010, le nombre de fonctionnaires est de 249 (officiers, sous officiers, personnels de service de santé des armées et personnels civils). Les quatre principales missions de cet institut sont :

          1) L'examen scientifique des traces et indices transmis par les services d'enquête, puis la réponse aux réquisitions des OPJ et aux ordonnances de commission d'expert délivrés par un juge d'instruction.

          2) L'intervention sur des scènes de crime nécessitant du matériel ou des compétences spécifiques. Dans des cas graves, l'unité nationale d'investigation criminelle (créée en 2003 suite à l'affaire flactif), composée de nombreux experts, se déplace sur les lieux avec le "laboratoire mobile".

          3) Le développement, par la recherche fondamentale, de techniques et de méthodes utilisées en criminalistique

          4) L'aide à la formation des TIC

A cela il faut rajouter des missions de coopération et d'échanges scientifiques avec d'autres laboratoires de criminalistique, des missions de communication ou encore des missions d'identification de victimes de catastrophes avec l'Unité de Gendarmerie d'Identification de Victime de Catastrophe (UGIVC). L'IRCGN dispense aussi l'essentiel de l'enseignement de criminalistique à l'université de Paris V René Descartes.

L'institut est divisé en trois divisions et douze départements spécialisés dans certains domaines de criminalistique. On trouve par exemple des spécialistes en biologie, balistique, incendie-explosion, entomologie, informatique, électronique et microtraces. D'autres départements sont très spécifiques comme celui d'ATO Anthropologie-Thanatologie-Odontologie. Ce département permet la reconstitution d'un visage à partir de la découverte d'un crâne. Dans ce même département, il existe une cellule spécialisée dans la morphoanalyse du sang, c'est à dire une cellule qui étudie les traces, éclaboussures et projections de sang. L'IRCGN possède également un département véhicules, le seul spécialisé dans ce domaine en France. Lors de la mort de Lady Diana à Paris, en 1997, ce département est saisi et les experts relèvent des débris de feux arrière sur les lieux de l'accident et des traces de peinture blanche sur la Mercedes accidentée. Des examens successifs de cette peinture vont déterminer avec certitude qu'elle provient d'une Fiat Uno blanche. Les débris de feux arrière analysés séparément confirment l’implication d'un Fiat Uno dans l'accident. Des témoignages viendront accréditer la présence de ce type de véhicule au moment de l'accident, mais celui ci ne sera jamais retrouvé.

Implanté au même endroit que l'IRCGN, ce service gère les grands fichiers communs à la Gendarmerie et à la Police Nationale : Le FAED, le Fichier des Personnes Recherchées (FPR) et le Fichier des Véhicules Volés (FVV). Il est de par ce fait en constante relation avec la Police Nationale, Interpol, les douanes, la Police Aux Frontières (PAF)....

Le STRJD a contribué à la mise en place du fichier informatique JUDEX qui enregistre toutes les données d'enquêtes des unités territoriales et qui alimente le Système d'Information Judiciaire (SIJ). Les Brigades Départementales de Renseignements Judiciaires (BDRJ) alimentent quotidiennement la base nationale du fichier JUDEX. A partir des données d'enquêtes, des modes opératoires, de la nature des victimes ce service peut faire des rapprochements de faits criminels et mettre en relation les unités d'enquête dans des affaires de proxénétisme, crimes en série , vols à main armée... Pour favoriser les rapprochements d'enquêtes complexes, le STRJD utilise depuis 1994 l'analyse criminelle et les informations recoupées par plus de 450 analystes criminels sur le territoire.